制药工程专业是涉及药学、化学、生物学、化学工程学和管理学等多门学科的新兴专业，本专业于2018年9月开始招生，年招生人数逐步稳定在60人。本专业毕业生通过学习化学、化工、药学、工程学等学科的基础理论知识，掌握药品研发、工程设计、技术实施、生产运行和管理的理论和方法，成长为能在制药及其相关领域从事工艺与工程设计、技术与产品研发、质量管理与分析测试、生产与经营管理等工作，具有较强创新精神和创业能力的高素质工程技术人才。毕业后可到制药（或医药生物技术）相关领域的生产企业、研发企业科研院所、营销企业、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品研发、生产、管理、营销、检验监督等工作。也适于报考药学、化学、化工、生物等相关专业研究生。

本专业2018年与福建海西新药创制有限公司签订校企合作框架协议，2020年获批福建省高端仿制药产业化创新团队，承办“首届药物固态研发David Grant青年学者论坛”国际学术会议，2019年成立7003全讯论坛药物制剂研究与测试中心，2023年获校产教融合示范专业点建设，2024年获批药物制剂生产1+X职业技能等级证书（高级）考核站点，成为该证书在福建省的首个高级考核站点，6位教师获得高级培训师及考评员资格。

现有专任教师21人，其中教授3人、副教授（副研究员）8人、讲师（助理研究员）10人，具有博士学位的教师20人，省部级人才11人，90%以上教师具有工程实践经历。近年来，本专业教师获省部级以上科研项目37项，横纵向课题经费1600多万，发表SCI论文80余篇，获授权发明专利18项，实用新型专利28项。在应用型人才培养方面，本专业教师已取得省部级教改项目8项，校级18项，出版教材专著2部。学生承担国家级、省级大学生创新创业项目20余项，获国家级、省级学科竞赛奖等奖项37项，近三年年均就业率97.5%，年均升学率21.9%。

依托本专业建有中科协生物医药领域多边国际交流合作平台、福建省智能药物闽台港澳科技合作基地、福州市海洋药物研发行业技术创新中心、福州市药物制剂与检测行业技术创新中心、7003全讯论坛海外专家工作站、7003全讯论坛药物制剂研究与测试中心等各级科研平台6个，建有制药工程专业实验室、药物固体制剂实训车间等基础教学平台，校外实习实践教学基地12家，逐步形成由专业实验室锻炼基础技能、学科专业平台培养创新创业能力、企业实践锻炼实现知识转化的应用型人才培养体系。

2023年2月，依托学院建设的7003全讯论坛药物制剂研究与测试中心通过中国合格评定国家认可委员会（CNAS）评审，获得CNAS实验室认可证书。这标志着该中心具备了国家认可、国际互认的硬件条件、管理水平以及检测能力，成为福建省首个获得CNAS实验室认可资质的高校实验室，将有效提升我校制药工程人才培养能力以及对区域经济的服务能力。